平氏政権の積極的な海外通交のあと、鎌倉幕府のもとでも日宋間の正式な国交はひらかれなかった。
しかし、私的な貿易や僧侶・商人の往来など、両国の通交はさかんに行われ、わが国は宋を中心とする東アジア通商圏のなかに組み入れられていった。
この間１３世紀初め、モンゴル高原にチンギス＝ハンがあらわれ、モンゴル民族を統一して中央アジアから南ロシアまでを征服した。
ついでその後継者はヨーロッパ遠征を行い、また金を滅ぼして広大なユーラシア大陸の東西にまたがる大帝国を建設した。
チンギス＝ハンの孫フビライは、中国を支配するため、都を大都（北京）に移し、国号を元と定めたが、その以前から南宋をせめ、高麗を服属させ、日本に対してもたびたび朝貢を要求してきた。
しかし、幕府の執権北条時宗はこれをしりぞけたので、元は高麗の軍勢をもあわせた約３万の兵で、１２７４年、まず対馬・壱岐をおかしたあと、大挙して九州北部の博多湾に上陸した。
かねてより警戒していた幕府は、九州地方に所領を持つ御家人を動員して、これをむかえ討った。元軍の集団戦法やすぐれた兵器に対し、一騎打ち戦法を主とする日本軍は苦戦におちいった。しかし元軍も損害が大きく、たまたまおこった大風雨にあってしりぞいた。
その後、幕府は再度の来襲にそなえて、博多湾岸など九州北部の要地を御家人に警備させる異国警護番役を整備するとともに、博多湾ぞいに石造の防塁を構築させた。南宋をほろぼした元は、ふたたび我が国の征服をめざし、１２８１年、朝鮮半島からの東路軍約４万と、中国本土からの江南軍約１０万の二手にわかれ、大軍をもって九州北部にせまった。
しかし博多湾岸への上陸をはばまれているあいだに暴風雨がおこって大損害をうけ、ふたたび敗退した。この２回にわたる元軍の襲来を元寇という。
再度にわたる襲来の失敗は、海をこえての戦いになれない元軍が弱点をあらわしたことや、元に征服された高麗や南宋の人々の抵抗によるところもあったが、幕府の統制のもとに、おもに九州地方の武士がよく戦ったことが大きな理由であった。

元はその後も日本征服を計画したいてので、幕府も警戒態勢をゆるめず、九州地方の御家人を引き続き異国警固番役に動員した。
また御家人以外に、全国の荘園・公領の武士をも動員する権利を朝廷から獲得するとともに、元寇を機会に西国一帯に幕府勢力を強めていった。
とくに九州の博多には北条氏一門を鎮西探題としておくりこみ、九州地方の政務や裁判の判決、御家の指揮にあたらせた。
幕府の支配権が全国的に強化されていくなかで、北条氏の勢力はさらに拡大し、なかでも家督をつぐ得宗の勢力が強大となった。
それにつれて得宗の家来と、本来の御家人のあいだの対立も厳しくなり、時宗の子北条貞時の代になると、１２８５年に有力御家人の安達泰盛らが御内人の代表の内管領平頼綱にほろぼされた。
貞時はやがて頼綱もほろぼし、幕府の実権をにぎった。得宗の絶対的な勢威のもとで、内管領をはじめとする御内人が幕政を主導した。
これを得宗専制政治とよび、全国の守護の半ば以上は北条氏一門が占めて、各地の地頭の職もまた多くは北条氏の手に帰した。